自清代建国之后，沿海一带就不断受到海盗的骚扰侵犯，朝廷也面临以前历朝各代没有过的大规模外敌从海上入侵的形势。
闽台两地海域面积广阔、海岸线绵长，这一地区的海洋防御是中国海防建设的重要一环，在全国海防战略中的地位十分突出。
由于统一台湾的需要，福建的海防建设在清代初期得到了较好的发展。清代中期，福建、台湾的海防力量在打击海盗、抵御外来侵略等问题上发挥了重要作用。
01福建海防
福建省地理位置极为重要，与赣、浙、粤三省接壤，东望台湾岛。省内港湾众多，便于船只停泊。建设福建海防，不但可保本省安全无虞，也可保障东南沿海数省的海防安全。
顺治三年（年），清基本平定福建，顺治七年（年），“定福建官兵经制”，“置闽浙总督”，设府、县二级地方行政区。
福州府，是清代福建政治、经济、军事中心，下辖罗源、连江、长乐、福清四县。
罗源县北部与宁德县相邻，南部与连江县相接，东面临海。县内水域较浅，港湾偏僻，不利于船只行驶或停泊，因此海防较弱，“县境之防御为略”。
连江县内岛屿众多，地势险要，是海防部署的重要地点，是水师“戍守要地”。长乐县内“山港澳屿，回环为险”，县城西北方的闽安镇和五虎门等地被称作省城门户，地位险要。
福清县内港屿曲折，自古就有“九海”之称，其外海的海坛岛（今平潭岛）是福建沿海岛屿中最大的岛，海坛岛在福建海岸线的中部，不仅是福州府的天然屏障，而且影响到整个福建省以及相邻省份的海防安全，其战略价值在于“增浙江之形势”，清政府在此处设有近万人兵力镇戍。
顺治七年设闽安协、同安协等处副将；康熙元年设罗源营游击以下等官；康熙十九年设海坛镇总兵。
陈伦炯在《陈资齐天下沿海形势录》中认为掌握此处的海防，能够确保省城的安全。福宁府三面环海，尤其是东北方向的三沙海地势险峻，若有外敌进攻，此处为其必选之地，因此“防为最急也”。
福宁府的交通位置也是很优越的，扼守南北交通要道，是进出福建北部海陆咽喉区域，战略地位不可轻估。
顺治七年设置福宁协副将；顺治十四年改设福宁镇总兵官，带兵二千名；康熙元年增兵一千名。
兴化府境内海防最重要的地区是三湾二岛，即兴化湾、平海湾、泥洲湾、南日岛、湄洲岛，三湾海岸线曲折，水道港汊纵横，防御不易。
南日、湄洲二岛在三湾东面海域处，能够有效弥补三湾防御的不足。
兴化府海上交通发达，对外联系便捷，而南日、湄洲二岛处于交通枢纽位置，是控制南北往来海上要道的重点，所以一直都是海防建设要地。
顺治七年设副将一员；康熙十一年改设兴化镇总兵。泉州府下辖同安、南安、晋江、惠安四县，主要防守惠安、同安二县。惠安县与莆田县相连接，是海上交通要道，出海便利。
同时侵略势力也容易在此处登陆，所以在沿海地区建筑关城、驻扎兵士，进行防卫工作。同安县战略地位极为重要，其地三面临海，南部与海澄县相交，县内的浯洲屿（即金门岛）、厦门岛与海澄县之间相互构成形援关系。
康熙元年设福建水师提督一员，驻泉州，后设厦门镇总兵；康熙十九年设金门镇总兵官。漳州府辖内海防形势最为险要的地区是海澄、漳浦、诏安三县。
海澄县东北方面朝大海，与厦门、浯洲屿等岛相隔甚近，县内水道发达，海上交通便利，驾驶船只的人大多从此处登岸，“防御为切”。
漳浦县境内的斗米澳、井尾澳、虎头澳与海洋相隔较近，港口众多，是“防御要冲”。诏安县与广东省潮州府接壤，位于闽粤交界处，与南澳岛隔海相望，其地位“控引潮粤，最为险要”。
漳浦、诏安和南澳岛三者互为形援。顺治七年设铜山镇总兵及海澄副将；康熙十八年设南澳镇总兵官；康熙二十年增兵一千，为收回台湾做准备。
福建省优越的海疆地理形势及地理位置，决定此地的海防战略价值远超本省，省内东部的海坛岛和西部的南澳岛两地区域位置尤为重要，“守海坛则可以增浙江之形势；守南澳则可以厚广东之藩篱”。
统治者对此也开始重视起来，有了初步的防御建设。
02台湾海防
台湾“北连吴会，南接粤峤”，是“江、浙、闽、粤四省之左护”，岛内山川峻峭，港道纡回。“诸番樯橹之所通，四省藩屏之所寄；戍以重兵、择人而治，内拱神京、外控属国。实东南门户，非若珠厓可得议弃者也”。
台湾地理位置重要，关系到中国整个东南地区的安危。康熙皇帝自即位起，就一直坚持统一台湾。
康熙二年，清政府趁郑氏内部分裂之时，命军队分三路进攻金门和厦门，之后对郑氏将领采取招抚政策。
康熙十二年，三藩叛乱，郑氏集团趁乱占据了泉、漳、潮、汀、惠、兴、邵等七州，威胁到清政府统治。
康熙二十年，随着三藩之乱的结束，加之郑氏诸子争权，内部矛盾加剧。福建总督姚启圣认为统一台湾的时机已经到来，便向皇帝提议要统一台湾。
康熙二十二年，施琅带领战船三百艘，水师两万人，从福建铜山出发进攻澎湖。澎湖海战在统一台湾中起决定性作用，皇帝认为“今克取澎湖，已扼险要，台湾逆穴，指日歼灭，立见廊清”。
清军占领澎湖，在战略和地形上掌握了主动地位，占据地理之利，打击郑氏军队，七月十五日，郑氏政权递交降表文稿，正式向清政府投降。
统一台湾之后，在关于如何处理台湾问题上又产生了弃留两种争议。
一部分大臣认为台湾是“海外丸泥，不足为中国加广；裸体纹身之番，不足与共守；日费天府金钱于无益，不若徙其人而空其地”，他们还没有认识到台湾的重要性，认为台湾土地狭小，又远离内陆，若派兵驻守，只是白白浪费钱粮而已，况且海盗、洋人经常侵扰，防守较难。
他们提议放弃此地，将现有居民内迁。可是施琅却力排众议，从多个角度讲明，台湾必不能放弃，他向皇帝陈奏的《恭陈台湾弃留疏》里有以下几点内容：
一、台湾土壤肥沃，人多地少，物产丰饶。
二、台湾人民疏于管理，易与盗匪勾结，威胁到海疆安宁。
三、荷兰人可能会在清政府对台湾疏于管理之时趁机兴兵征台，应尽早防范此事发生。
四、守护台湾利于巩固澎湖。
五、开发台湾，驻军防卫，可以增加国家税收。
施琅认为台湾地区的农业发展能够解决内地粮食短缺的危机，并且能够起到维护边疆稳固的作用，即：“留之诚永固边圉”。
康熙二十二年（年），郑克塽降清后，台湾地区正式纳入清朝版图，二十三年（年）中央政府决定在台湾设一府三县，隶属福建省。
清代学者蓝鼎元在著作《东征集》中，也有述及台湾海防战略地位重要的言论，他认为一定要把台湾紧紧掌握在清朝自己手中。
如果是海盗、荷兰、日本占据了台湾，沿海多个省份就危在旦夕了，“皆不得安枕而卧”，将台湾的重要性与防止外国入侵相联系，从维护国家海权角度来论证台湾海防的重要性。